Après un combat acharné, l’archevêque Administrator est enfin vaincue et le Monde des Hommes libéré de son joug. Pourtant, le prix à payer a été lourd, et les pertes douloureuses. Enfermé dans sa propre conscience, Kirito, incapable de s’exprimer, n’est plus que l’ombre de lui-même. Cependant, déterminée à le soigner, Alice retourne au village de Rulid en quête de solutions. Pendant ce temps, dans la réalité, l’Ocean Turtle est attaqué par un groupe de mercenaires cherchant à s’emparer de la technologie du Soul Translator. Gabriel Miller, l’énigmatique leader, est prêt à tout pour récupérer l’âme d’Alice, l’Intelligence Artificielle parfaite... Jusqu’à s’allier avec les forces des Ténèbres.