Tombée du ciel, Sheeta, une jeune fille poursuivie par des pirates de l'air, n'a pour seul héritage de ses ancêtres que le cristal bleu qui a mystérieusement freiné sa chute. En compagnie de Pazu, un garçon travaillant dans les mines, elle va partir à la recherche de la légendaire cité de Laputa, une île qui flotterait quelque part dans les cieux et attendrait le retour de ses maîtres...