L'Unité 731, créée entre 1932 et 1933 par mandat impérial, était un laboratoire secret, unité militaire de recherche bactériologique de l'Armée impériale japonaise. Officiellement, cette unité, dirigée par Shiro Ishii, se consacrait à « la prévention des épidémies et la purification de l'eau », mais en réalité, elle effectuait des expérimentations sur des cobayes humains. Septembre 1945, Tokyo Le Japon a capitulé devant les États-Unis. Un processus d'après-guerre est alors initié : la traque et l'élimination systématique des armes humaines créées par l'Unité 731, des combattants génétiquement modifiés, vestiges de la guerre. Dans ce contexte, un soldat démobilisé, Konoe, est recruté et associé avec une jeune fille immortelle, Saika, elle-même née d'une expérience biologique de l'unité 731. Ils devront travailler ensemble pour traquer les créatures hors de contrôle issues de ce laboratoire secret.