La guerre continue, dans l'espace comme sur Terre. Le White Base et son équipage, avec à son bord le Gundam, continuent leur périple. Le navire part rejoindre le front dans ce qui sera une bataille décisive pour le contrôle de la Terre. L'un de ses pilotes va faire la rencontre d'une espionne et leurs vies seront changées à jamais. C'est aussi cela, le coeur de Gundam : The Origin, de confronter des personnages ordinaires à une situation qui les dépasse, à l'horreur de la guerre.