Misaki vient juste d’emménager avec son père à Hohoro, la ville natale de sa mère (morte depuis quelques années déjà) : en effet, à la mort du Docteur Ôtori (son arrière grand-père), Misaki et son père ont hérité de sa maison. C’est ainsi qu’une nouvelle vie commence pour Misaki. Mais un soir, alors qu’elle rentre de l’école avec une de ses nouvelles amies, elle trouve une étrange créature : Nio (en référence à « Matrix »). Ce dernier a la particularité de se transformer en petit garçon quand on l’embrasse, et de reprendre sa forme originelle quand il rentre en contact avec de l’eau. Misaki va très vite décider de l’adopter. Peu à peu, au contact de ce dernier, la jeune fille va retrouver des bribes de souvenirs de sa plus tendre enfance, des souvenirs qu’elle avait étrangement oubliés…