L'assassinat d'une shinobi dans le quartier de Nerima inquiète aussi bien la police que l'organisation ninja officielle. La kunoichi a été attaquée par un combattant à l'efficacité redoutable et à la présence quasi indétectable. Son matériel de défense surpassant celui de N.I.N, une enquête poussée s'organise. Dans le même temps, Kûro, entraîné par un autre gamin de son lycée se prépare à attaquer l'académie Yankî, véritable repaire de racailles…