En manipulant des fossiles vieux de plus de 300 millions d'années, les scientifiques de la Team Plasma tentent de recréer de puissants Pokémon disparus : les Genesect.

Mais l'expérience tourne mal et ces derniers arrivent à s'enfuir ! Sacha, Pikachu et Mewtwo ne seront pas de trop pour faire face à ces redoutables Pokémon d'un autre temps !