Kamui vit à l'époque Edo et fait partie de la classe des « non-humains ».

Décidé à se révolter contre ce système, il devient un ninja. Deux autres garçons croiseront son chemin : Shosûke, un domestique voulant devenir agriculteur indépendant, et Ryûnoshin un guerrier qui deviendra rônin.

Chacun à leur façon, ils vont tracer leur chemin sans se soumettre au système féodal.