Septembre 1945, Tokyo. La guerre est finie. Le commandement suprême des forces alliées, GHQ, effectue des opérations strictement confidentielles pour neutraliser les armes humaines nommées « variants », créées par l'unité 731 de l'Armée impériale japonaise. Ces variants doivent être abattus jusqu'au dernier mais, niant la défaite japonaise, ils intensifient leur lutte et enchaînent les attentats contre le GHQ et les civils. Afin d'empêcher les attentats provoqués par le leader des variants Kuromori, l'officière du GHQ Julia Henry Murdock forme une petite troupe de soldats avertis. Composé de Konoe, Saika, Graham, Alex et Pablo, ce groupe frappe les bases de variants les unes après les autres. Ils croient détruire enfin l'organisation ennemie, quand un variant surpuissant se dresse devant Konoe.