Dans ses souvenirs d’enfance, Shinji Ikari se remémore sa rencontre avec Kaoru, ce même Kaoru qui lui révèle le secret de Gendo Ikari. Les deux garçons décident d’aller défier ce dernier aux côtés d’Asuka et de Rei, afin d’empêcher la réalisation de son plan. L’Arbre-Monde Yggdrasill, support des multi-dimensions, pourra-t-il être stoppé ? Le rideau tombe sur le dernier acte de cette histoire !