Une mystérieuse créature nommée Kyubey apparaît devant Madoka Kaname et insiste pour qu'elle devienne une « Puella Magi » - une jeune fille dotée de pouvoirs qui doit combattre le mal. Mais la nouvelle élève de la classe, Akemi Homura, semble vouloir l'en empêcher. Au fil de ces rencontres inattendues, Madoka comprend que son destin est sur le point de changer à tout jamais...