Negi Sprinfield, petit génie de 10 ans, sort d’une école de magie en Écosse. Il ne lui reste qu’un stage de fin d’études à faire pour terminer officiellement son cursus. Il se retrouve ainsi envoyé comme prof d’anglais dans un collège de filles au Japon. Sa classe se compose de 31 jeunes filles à forte personnalité qu’il a bien du mal à maîtriser du haut de ses 10 ans et de sa petite taille. L’une d’elles, Asuna Kagurazaka se voit, à son grand dam, contrainte par le directeur de l’école, d’héberger Negi chez elle le temps de lui trouver un appartement. Elle découvre alors qu’il est magicien et menace de le dévoiler à tout le monde.