Shirou Tokisada Amakusa, l'un des 7 Guerriers Glorieux, a soudainement trahi ses frères d'armes en brisant le sceau qui retenait Ambrosia, un Ankoku Shin, une divinité maléfique.

Blessé et furieux par cet acte incompréhensible, Haohmaru, qui lui aussi s'avère être un des Guerriers, décide d'affronter Amakusa. Il est bientôt rejoint par ses compagnons : Charlotte, Galford, Nakoruru, Tam Tam et Wan-fu. Mais cette alliance de guerriers prestigieux s'avère inefficace contre la puissance d'Amakusa. Cette dernière, d'ailleurs, s'apprête à leur porter le coup de grâce, mais elle n'arrive pas à détruire leurs âmes de Guerriers Glorieux.

Toutefois, Amakusa sait que dans cent ans, ces âmes prendront à nouveau chair et seront de nouveau à portée de main. Elle s'entoure alors de guerriers redoutables comme Genan Shiranui et Earthquake mais également de Yoshimune, le shogun de Tokugawa pour asseoir sa domination.

Amakusa porte, malgré tout, une attention toute particulière sur le valeureux et dangereux Haohmaru qu'elle souhaite rallier à sa sombre cause. Mais les actions de celles-ci sont étroitement surveillées par le ninja Hanzo Hattori qui veut construire une résistance.