La CIAS veut renforcer son potentiel en étudiant les facultés des os avec l'aide de Yodomi. Pendant ce temps, la compagnie des Gygès se livre à des tueries de masse. La CIAS ne parvient pas à mettre fin aux massacres aux quatres coins du pays. Toutefois, la clé qui permettrait de découvrir le but et les méthodes des mystérieux Gygès pourrait se trouver dans le passé de Shôko Yoroibata.

Les combats entre skeletons prennent également une nouvelle ampleur. Quelle sera la réponse finale de Yodomi ?