Une mystérieuse petite fille du nom d’Illyasviel fait son apparition devant Shirô. Son servant, Berserker, semble posséder une puissance incomparable... et c’est sur les ordres de son maître qu’il se jette sur Saber ! Le père Kotomine quant à lui dévoile un à un les mystères entourant la Guerre sainte débutée dans la ville de Fuyuki...