Link est à la recherche de sa fée Navy dont il a été séparé lors de son précédent combat contre Ganondorf. Mais il tombe en chemin sur un curieux personnage masqué nommé Skullkid qui lui vole tous ses biens.
Dépassé par le pouvoir de son masque, Skullkid est pris d’une grande folie et décide de faire tomber la lune. Plongé dans un nouveau monde dont le temps est compté, Link doit libérer quatre géants qui pourront contrecarrer le masque de Majora. Mais répondront-ils à son appel le moment venu ?