An 2199. Le cuirassé Yamato a entamé un voyage dans l'espace vers la planète Iscandar située à 148 000 années-lumière afin de sauver la terre, sur laquelle la vie est sur le point de s'éteindre. L'équipe de Kodai Susumu, de plus en plus forte, livre bataille contre le seigneur Desler, à la tête de l'empire Gamila, quand son capitaine, Okita Jûzo, tombe malade. L'équipe du Yamato parviendra-t-elle à s'emparer du Cosmo Cleaner et à rentrer sur terre comme l'espère l'humanité ?