Alors que la région de Kalos vit paisiblement, le petit village de Bourg-Croquis est ravagé par l'apparition de deux pokémon légendaires sauvages: Yveltal et Xerneas... La mystérieuse Team Flare, prête à tout pour rebâtir un monde plus "beau" va tenter de s'emparer du secret de la méga-évolution... nos héros vont-ils pouvoir leur échapper ?