La guerre contre l'empire de la comète blanche a pris fin. Un mois plus tard, le Yamato se lance dans un nouveau voyage destine a tester la nouvelle équipe du Yamato, le capitaine Kodai Susumu a sa tète. Desler, décidé a construire un nouvel empire, entreprend un long périple afin de conquérir une nouvelle planète. Au cours de la bataille, ce qu'il convient d'appeler une étrange amitié naît entre Desler et Kodai. Forts de leurs objectifs et de leurs idéaux, tous deux avancent vers l'avenir. Les voilà cependant qui rencontrent l'empire de la constellation noire, de plus en plus menaçant ! Yamato et Desler se lancent alors ensemble dans la bataille afin de protéger Iscandar des envahisseurs malfaisants ! Voici le grandiose prélude tant attendu de cette aventure contre l'empire de la constellation noire!