L'affrontement a été intense, mais Shiki et l'équipage de l'Edens Zero sont finalement venus à bout de l'unité 6 des Beast de Poséidon Nero. Puis, ils ont vu l'armée du système stellaire gouvernementale débarquer et anéantir sans le moindre effort l'unité 1 ! Shiki et Homura ont alors été emprisonnés en raison de leur lien avec Erzy, et Justice se montre extrêmement agacé… Harmit et Wise se sont quant à eux rendus sur un "satellite serveur" qui émet un virus informatique responsable d'une crise de folie généralisée chez les machines.

Ils se retrouvent face au professeur Muller qui avait torturé Harmit autrefois, et dont les sévices la traumatisent encore aujourd'hui ! Nos amis vont-ils pouvoir se débarrasser de ce cruel scientifique et ainsi libérer les machines de leur virus maléfique ?