Kyon, coincé dans un monde parralèle, finit par retrouver Haruhi qui était en fait dans un autre lycée. Ils s'introduisent dans ce Kyon considère comme le local de la brigade SOS et parviennent à activer le programme qui doit lui permettre de rejoindre son monde et son époque. Malheureusement, Kyon se retrouve propulsé trop loin dans le passé… et se découvre allongé sur un banc, en compagnie de Mikuru…