La planète Mammouth's Utopia et son système solaire ont été anéantis par une explosion noire qui n'a laissé qu'un grand vide de matière. Maetel et Testurô traversent cette zone à bord du Galaxy Express 999 et croisent la route du terrible vaisseau spatial Yamato venu fermer le trou noir laissé par l'explosion.

Près de la planète Aphrodite, un gigantesque vaisseau engloutit le Galaxy Express ! Il s'agit du vaisseau de la terrifiante Dark Queen qui souhaite s'entretenir avec Testsurô ! Le jeune homme sortira-t-il indemne de cette entrevue ?!