Japon, 1638, début de l'ère Edo. Sur la route de Nakasendo reliant Kyoto à Edo, deux bandes de ninjas se livrent une lutte acharnée autour de l'héritière des Toyotomi, le clan défait lors de la guerre civile par les Tokugawa, nouveaux maîtres du Japon.Après avoir été entraîné dans cette vendetta, Genkuro Yorozu a mis sa redoutable épée au service de la jeune héritière. Il la protège vaillamment en repoussant les incessantes attaques des étranges ninjas de la bande de Tsuchigumo. Mais il lui faudra aussi affronter d'autres créatures encore plus étranges, toutes liées au “bateau volant” qui a chuté depuis les cieux.C'est en effet l'heure des premières révélations, notamment au sujet du secret entourant l'épée de Genkuro et la relation qu'entretient le légendaire Musashi avec son redoutable ennemi, Tokisada Masuda. À cela s'ajoute la venue de nouveaux protagonistes, dont un étonnant bonze et un puissant samouraï… Autant de nouvelles rencontres qui vont pimenter le périlleux voyage de Genkuro et ses alliés.