Il s'est écoulé une petite décade depuis la fin des combats entre les clans Ninjas. La paix est enfin revenue depuis les terribles affrontements qui ont vu s'opposer des deux clans ninjas de Kôga et d'Iga. C'est alors que des guerriers inconnus répondant au nom de "Messies de Jôjin" font leur apparition et agissent au nom du gouvernement du Shogunat et Tokugawa.