Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki lors de la fin de la Seconde Guerre mondiale, la famille Yggdmillennia se retire soixante ans plus tard de l'Association des Mages. Leur rebéllion devient alors l'origine d'une division entre deux factions de Maîtres, invoquant chacun sept Esprits héroïques pour une guerre de front entre quatorze Servants, le tout dirigé par Ruler, servant médiateur envoyé directement par le Saint Graal…

Le combat entre les factions des Noirs et des Rouges bat son plein. Achille affronte son ancien professeur Chiron, tandis qu'Atalante se dresse face à Jeanne d'Arc… Shirô Tokisada Amakusa va-t-il parvenir à exaucer son insondable souhait de salut de l'humanité ?