Lorsque Kamikino Mitama, divinité d'un petit village, rencontre le jeune Junzo Shiba, elle lui révèle son envie de profiter d'une vie normale et de mettre un terme à ses activités divines. Mais le seul moyen pour y parvenir, c'est de se marier ! Junzo, séduit par Mitama, accepte et la suit jusqu'à un sanctuaire caché dans la forêt. Commence alors le périple d'un lycéen et d'une déesse millénaire dans l'univers féériques des légendes japonaises.