Taku Kamishiro a intégré Rudiments, une organisation composée d’infectés à l’ID. Il retrouve finalement Takashi Ogami, qui sait peut-être où se trouve la fille qu’il aime : Mika Hanazono. Le groupe s’infiltre dans sa demeure, mais une autre entité ''CID'' est en route également... Les deux clans semblent se précipiter vers un affrontement inévitable..