Après avoir permis la réconciliation de Yumi et Hiroyasu, Hideki est plus troublé que jamais par l'affection que lui témoigne Chii. Humains et ordinateurs seraient-ils donc plus proches que leur nature ne le suppose ? Conscient de sa propre ignorance, Hideki choisit de donner carte blanche à Minoru et Dragonfly pour mener l'enquête sur Chii, dont les capacités ne sont plus à prouver. Mais leur enquête n'est pas sans risques et Yuzuki, trop téméraire, en fait les frais.

Peut-être est-il temps pour Hideki de prendre les choses en main et de se confronter à Mlle Hibiya… ainsi qu'à la vérité.