Mademoiselle Mozart invite le lecteur à redécouvrir l'histoire du célèbre compositeur Wolfgang Amadeus Mozart. Dans cette version alternative, Mozart est née femme, mais son père, après avoir entendu ses premières compositions majestueuses, a décidé de la faire passer pour un homme. Tenu au secret, « il » doit vivre comme un homme et penser comme un homme, à une époque où les femmes n'avaient pas vraiment le droit d'exposer leurs talents. À 25 ans, Mozart est établi comme compositeur et musicien de génie dans la ville de Vienne. Mais un concurrent, Antonio Salieri, le soupçonne d'être en réalité une femme... Alors que le compositeur se retrouve dans la tourmente, sa récente liaison avec Constanze Weber va encore davantage mettre son secret en péril.