Alors que Negi en apprend encore d’avantage sur ses parents et sort victorieux de son combat contre le gouverneur, les membres du « Monde Parfait » surgissent et s’en prennent aux habitants du monde magique ! À l’aide d’un mystérieux pouvoir, ils font littéralement disparaître tous ceux qui s’opposent à eux ! De retour auprès d’Asuka, Fate lui dévoile ses terribles intentions... Pendant ce temps, Evangeline enseigne à Negi comment contrôler les effets de la Magie des Ténèbres, malgré les importants risques qu’encoure le jeune professeur...