An 2203. L'espace est en proie à d'énormes mutations, les étoiles changeant de position au sein de la Voie lactée à cause d'une nébuleuse venue d'une autre galaxie. Le cuirassé Yamato, parti inspecter ces dysfonctionnements, est soudainement attaqué par l'armée de l'Empire Dingir. Afin de réaliser ce plan, l'armée a détourné Aquarius, planète de laquelle est née la Terre, il y a 4 600 000 000 millions d'années. Plus grave encore, cette planète envisage d'hydrogéner la Terre. Le cuirassé met alors les voiles pour son dernier périple, mené par son capitaine des débuts, le fantastique Okita Jûzô ! Dans ce récit de SF tout y est, une guerre honorable et des sentiments éternels, de quoi faire entrer Yamato dans la légende !