L'action se situe vers la fin des années 60. On y découvre Hazama Kuro, un jeune étudiant en médecine, défiguré par une longue balafre lui barrant la joue. Ce jeune prodige de la médecine deviendra plus tard Black Jack, le mystérieux chirurgien auquel on fait appel quand tout espoir a disparu. Plus qu'une simple histoire de médecine, la série intègre de nombreuses références à la situation internationale et aux conditions sociales du Japon de la fin des années 60.