Après être entré en possession de Noah, le château du Maô, Arata part en direction de la bibliothèque céleste pour secourir Lilith. De son côté, Lilith se réveille aux côtés d'Arles, sa mère pourtant décédée ! Cette dernière souhaite lui apprendre l'Alter-chimie. Mais avant, il faut passer par un rituel très singulier qui va permettre à Lilith de se découvrir un nouveau pouvoir étonnant !