La dernière fois, le "projet de pokopens télécomandés" aurait dû permettre de contrôler les pokopens au doigt et à l'oeil, mais comme d'habitude, les plans d'invasion du sergent Keroro ont échoué. Keroro et sa bande n'ont cependant pas chômé et ont déjà réfléchi à une nouvelle stratégie. Pourront-ils enfin cette fois-ci conquérir Pokopen ?