Nous sommes en 20XX dans la ville de Neo Domino City. Sous la clameur du public, Yûsei Fudô et Secto viennent de commencer un duel !! À la fin de la partie apparaît le Chevalier squelette, un mystérieux personnage qui fait l'objet d'une légende dans la ville... Les présentations sont à peine faites qu'il est déjà en train de défier Yûsei dans un duel dont l'enjeu n'est autre que l'âme du jeune duelliste !!