En l’an 2050, après un traité de paix entre les Lucifer Hawks et les humains, Tokyo a retrouvé son ciel bleu et a été reconstruite sous le nom de Re-Tokyo, une ville recouverte par M.A.R.S. (un système de réalité augmentée métamagique). Cependant, de nouveaux cas de 3RD-AT viennent bousculer la nouvelle paix établie, notamment une attaque terroriste sur un monument géant inconnu appelé « A-NU ». C’est le début d’une nouvelle bataille pour l'avenir des humains et des Lucifer Hawks !!