Nos amis sont finalement parvenus à sortir indemnes du labyrinthe et à se libérer de la grotte. Mais alors qu'ils s'apprêtent enfin à pénétrer dans le château, un ennemi de taille se dresse devant eux : Kaiba. Le duel du destin commence, un affrontement qui verra entrer seul le vainqueur chez le maître des lieux. De plus, les règles ont changé puisque désormais c'est avec le "duel disk" que les combats sont livrés.