Il n’y a pas d’histoire à proprement parlé dans l’Apprenti Mangaka, puisqu’il s’agit plutôt d’un "guide" pour les mangakas débutants. La première partie consiste en une série de leçons de maître Toriyama lui-même sur ce qu’il faut faire et ce qu’il ne faut pas faire quand on dessine un manga. La deuxième partie consiste en une série de conseils plus techniques et moins drôle de la main d’Akira Sakuma. Enfin, la troisième et dernière partie est formée de commentaires de M.Toriwama sur des planches envoyées par des amateurs à un concours du Shônen Jump.