Alors que la dernière épreuve de l'examen pour intégrer les Forces de Défense s'achève, un mystérieux kaiju humanoïde fait son apparition et ressuscite le monstre principal que Kikoru venait d'abattre.

Pour la sauver, Kafka n'a pas d'autre choix que de se transformer devant elle, lui dévoilant son secret ! Cette intervention ne fait qu'attiser les soupçons du vice-commandant Hoshina sur sa nouvelle recrue…

C'est alors qu'une alerte kaiju résonne : un honju colossal, entouré d'une myriade de yoju, a surgi dans la banlieue de Tokyo !