La Patrouille Spéciale d'étude des Singularités Scientifiques fait face à la terrible menace des envoyés du Z-Ton Core menés par leur leader Temperor. Les machinations se multiplient alors que la vérité à propos des exactions du gouvernement japonais lors de la purge extraterrestre éclate au grand jour. La volonté de Shinjirô d'endosser le rôle d'Ultraman est sur le point de vaciller une nouvelle fois…