Milieu du dix-neuvième siècle au Japon. Une femme meurt emportée par l'épidémie de choléra qui ravage le pays, elle laisse deux jeunes enfants livrés à eux-mêmes : Shotaro, 14 ans et Gentaro, 10 ans. Suivant les dernières recommandations de leur mère, ils savent que pour survivre, ils devront devenir forts car les faibles sont voués à mourir. Ils se mettent alors en quête d'un maître qui leur apprendra à manier le sabre pour devenir comme leur défunt père, un samouraï. Ces innocents orphelins sont loin de s'imaginer combien le monde qui les entoure peut-être sans pitié envers ceux qui ne savent se défendre…