Il se raconte que les adolescents du Japon sont parfois victime d'un étrange phénomène: le syndrome de la puberté. L'instabilité qui accompagne cette période de la vie cause l'apparition d'effets surnaturels aussi imprévisibles que gênants. Sakuta Azusagawa est un lycéen plutôt ordinaire, quoique peu sociable. Un jour, il aperçoit à la bibliothèque une jeune femme se promenant déguisée en bunny girl entre les étagères, sans que personne ne la remarque. Elle s'appelle Mai Sakurajima, et son syndrome de la puberté la rend progressivement invisible aux yeux de tous…