La ville portuaire de Libra-city est séparée en deux zones : la zone upper qui accueille les populations aisées, et la zone outside où vivent les pauvres. Les habitants d'upper se tiennent éloignés de l'outside ignorant tout de ce qu'il s'y passe. Libra-city est entre les mains d'une organisation criminelle appelée l'Assemblée invisible qui créé des « hommes-fantômes », des humains améliorés comme les héros de ce manga : Bem, Bela et Belo. Ces trois personnages principaux, contrairement aux autres fantômes et monstres qui pullulent dans la ville, œuvrent pour le bien en combattant leurs semblables.