Après l'explosion qui a détruit la ville, Néo-Tokyo laisse place à son nouveau visage fait de ruines. Deux forces se disputent à présent le territoire : le Grand empire de Tokyo avec à sa tête Akira, et l'organisation religieuse dirigée par Dame Miyako. Le gouvernement, lui, a envoyé des soldats pour liquider l'enfant prodige. Tetsuo, enfin, s'accoutume petit à petit aux capsules libératrices de sa force, jusqu'à ce que Dame Miyako lui apprenne que la véritable puissance se trouve ailleurs…