Une nouvelle année scolaire commence. C'est l'occasion pour Kagemiya Sen et Akitsu Shû d'intégrer l'académie Karasumori. Officiellement, leur travail consiste à surveiller l'activité du domaine, mais en réalité ils sont investis d'une autre mission… Sur ces entrefaites, survient un événement singulier : des nuées de papillons noirs envahissent l'établissement et se reproduisent à toute vitesse. Pour s'en débarasser, les kekkaishi vont devoir unir leurs forces et tenter le tout pour le tout !