Le célèbre pirate cherche à voler un diamant fabuleux. Après avoir pris ses renseignements, il se rend dans un musée d'art antique pour effectuer son larcin mais il se retrouve cerné par la guilde des Pirates. En effet, Gipsy Doc et ses troupes sont à la recherche d'Utopia More, une jeune chercheuse qui étudie un mystérieux fossile… Il réussit à sauver Utopia, au prix de la perte de « son » diamant. Plus tard, il retrouve la jeune fille et l'accompagne à la recherche d'une amanite géante, similaire au fossile, qui se révèle être possiblement à l'origine de l'univers. Cobra s'embarque alors dans de nombreuses péripéties qui le mènent face à son pire ennemi, Crystal Bowie, aussi connu sous le nom du terrifiant Homme de Verre, qui cherche à le piéger …