Wizard City, la ville où tout le monde peut venir, mais où personne n'est le bienvenu. L'endroit le plus mal famé de la ville : le Club Neverland. Ceux qui tiennent à la vie savent qu'il vaut mieux rester à l'écart de ce repaire de criminels. C'est là que la fée Fran, captuée par un gang, fait la rencontre de Koyukimaru, un jeune ninja lui aussi retenu prisonnier. Ils parviennent à s'enfuir avec à leurs trousses les pires criminels de la ville qui cherchent à mettre la main sur le Rouleau du Cataclysme dont seul Koyukimaru connaît l'emplacement. Commence alors pour eux un long combat contres les ténèbres qui menacent d'engloutir Wizard City.