Après avoir dérobé le Graal Supérieur de Fuyuki à la fin de la Seconde Guerre mondiale, la famille Yggdmillennia se sépare 60 ans plus tard de l’Association des Mages. Leur rébellion provoque une division entre 2 factions de maîtres, invoquant chacun 7 esprits héroïques pour une guerre de front entre 14 Servants, le tout surveillé par Ruler, servant médiateur envoyé directement par le Saint Graal…

Le père Shirô dévoile enfin sa véritable identité : il est en réalité un ancien Servant de la précédente Guerre sainte, et est bien décidé à utiliser tous les moyens qui sont en sa possession pour s’emparer de la Coupe Sacrée.