Mi-garçon, mi-fille, Mashiro Ichijo rêve de devenir un lycéen normal. Un jour, il est convoqué dans une infirmerie secrète, afin de suivre un « cours après les cours » qui lui permettra de réaliser son souhait et de quitter le lycée.
Lors de cette première séance onirique, il rencontre Kuréha, qui lui apprend que les élèves s'affrontent sous leur véritable apparence, différente de celle qu'ils possèdent dans la réalité, pour passer l'épreuve. Oscillant entre ses deux sexes, il doit trouver sa voie pour quitter ce jeu cruel.