Asuka emmène Shinji Ikari voir Misato Katsuragi. Introduit dans le quartier général de NERV par le passage souterrain de la chapelle de l’école, Shinji découvre l’impensable : son père, censé être mort, apparaît sous ses yeux ! Quant aux anges, après avoir fui l’Arbre-Monde Yggdrasill, la matrice multidimensionnelle de la planète, ils s’approchent petit à petit de Shinji et ses camarades… Les aventures inédites d’Eva continuent !